La mayor diferencia es el idioma. Phoenix es un marco de Elixir, mientras que Deepstream es un marco de JS. Personalmente no usaría JS dentro de mi backend. Siento que JS no es un lenguaje muy agradable. Intenta ser un lenguaje funcional sin tener las ventajas de ello, como concurrencia o datos inmutables. Las cosas están mejorando, pero no lo usaría para backends más grandes. Elixir, por otro lado, es un lenguaje funcional tolerante a fallas y altamente concurrente con una sintaxis limpia. Phoenix está muy cerca de los marcos de Rails, pero mucho más delgado. Principalmente está atracando al vaquero como un llamado enchufe. Deepstream, por otro lado, está construido sobre node.js. No he usado Deepstream hasta ahora, pero si lo usara, lo haría de la siguiente manera: crearía una API de back-end (muy probablemente en Elixir o algún lenguaje JVM) y crearía un servicio frontend separado que luego se construiría encima de Node.js o Deepstream.
Si necesita hacer un procesamiento de mensajes, realmente tome Erlang o Elixir como su lenguaje de fondo. Estos dos idiomas están diseñados exactamente para ese propósito. RabbitMQ o Whats App están construidas sobre la VM de Erlang, por lo que Elixir sería una buena opción.
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