Primero, necesitarás un programador, por supuesto. La mayoría de los programadores no necesitan controladores en Linux.
Necesitará avr-gcc y avr-lib para compilar sus programas. Supongo que tienes tu archivo hexadecimal y solo quieres grabarlo.
Para grabar un programa, necesita la utilidad avrdude.
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Instalar avrdude:
Sistemas basados en Ubuntu y Debian:
sudo apt-get install avrdude
Fedora o basado en rpm:
sudo yum install avrdude
O si usa Arch Linux (bueno, estoy seguro de que no necesita esta respuesta si usa Arch Linux !!!).
Para grabar el enchufe en el programador, conecte su microcontrolador al programador,
encienda una terminal, navegue a su directorio que contiene el archivo hexadecimal y ejecute:
$ avrdude -c -p -U flash: w: filename.hex
Por ejemplo, si usa usbasp para actualizar el archivo main.hex a un ATmega8:
$ avrdude -c usbasp -p atmega8 -U flash: w: main.hex