La unidad de disquete tiene medios magnéticos giratorios que utilizan un disco flexible con recubrimiento magnético para memoria. La unidad de disquete es realmente un dispositivo físico conectado a la computadora con el propósito de leer disquetes flexibles extraíbles.
El pen drive tiene memoria flash de estado sólido (semiconductor). Tiene los componentes electrónicos para la unidad y utiliza una toma USB en la computadora para transferir información.
Pen drive es mucho más rápido y capaz de densidades muy grandes de hasta 128 GB. Los disquetes son lentos y solo contienen aproximadamente un megabyte y son casi obsoletos.
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Las unidades de disquete cuestan entre 10 y 20 dólares y ocupan espacio y energía en la computadora. Los disquetes costaban unos 50 centavos por dólar. Las unidades de memoria son independientes y no ocuparon espacio en la computadora cuando se retiraron. Cuestan de $ 2 a más de 100 dólares dependiendo de la capacidad. Un pen drive con 2 GB, aproximadamente 2000 disquetes de capacidad le costará alrededor de $ 2–4.