No HMC no te ayudaría aquí. Debería volver a leer cómo funciona el algoritmo, porque es probable que no lo haya entendido completamente.
HMC es una muestra importante del método de Monte Carlo. Funciona con distribuciones de probabilidad, y si dibuja un histograma de los estados aceptados visitados en una larga ejecución de HMC, tendrá una estimación de la distribución de probabilidad para que el sistema esté en esos estados. Con respecto a las búsquedas de hiperparámetros, no siguen una distribución y en realidad solo estamos interesados en la mejor opción (el mínimo), no en la distribución while.
No puede aplicar HMC a los hiperparámetros porque no tiene forma de realizar los pasos de la dinámica molecular: ¡los hiperparámetros no son diferenciables, por lo que no tenemos término de fuerza! De hecho, si los hiperparámetros fueran diferenciables, podríamos usar el descenso de gradiente para optimizarlos, lo que facilitaría mucho las cosas.
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Si está optimizando hiperparámetros, le sugiero que haga una búsqueda aleatoria, en lugar de la búsqueda de cuadrícula.