“No debería” tocar la unidad D en absoluto, a menos que “se lo diga”. Aunque puede haber algunos problemas si la unidad D no es más que una partición en el mismo disco físico que la unidad C. La parte más peligrosa es cuando el instalador juega con las tablas de particiones. La operación de formato en sí solo debería hacer lo suyo en la partición principal que se convertirá en la unidad C.
Si tiene miedo, siempre puede hacer una copia de seguridad primero (que siempre es una buena idea antes de tales cambios en todo el sistema). O si D está en su propio disco físico, desenchúfelo antes de reiniciarlo, de esa forma el instalador de Windows ni siquiera podrá encontrarlo, no importa hacerle nada.
Un reinicio definitivamente borrará todo de la unidad C, por lo que será necesario hacer una copia de seguridad de todo lo que tiene allí (por ejemplo, sus Documentos y todo lo que guardó directamente en el escritorio).
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En cuanto a los programas, la mejor manera sería reinstalarlos desde cero una vez que Windows haya completado su instalación; nunca he visto que ningún tipo de copia de seguridad / migración funcione correctamente con todo. En realidad, es muy raro que tal cosa funcione en absoluto. La mayoría de los programas en Windows tienen demasiados matices y lugares especiales donde cada uno guarda algunos datos de configuración. Sin mencionar que la mayoría requiere algunas dependencias extrañas que pueden instalarse en todo tipo de carpetas, no solo en su propia carpeta de instalación, cada una de las cuales tiende a tener problemas de datos de configuración similares.
