No creo que tengas que elegir uno. Kubernetes y Mesos pueden coexistir y apoyarse mutuamente. Kubernetes es una herramienta de orquestación para que Docker implemente y administre contenedores en múltiples servidores. Utiliza Kubernetes si desea ejecutar el contenedor Docker en varios servidores y administrarlos de manera efectiva. Kubernetes es para la gestión de contenedores, no para la gestión del servidor. Mesos es más del lado de la administración del servidor. Gestiona los recursos del servidor, como la CPU y la memoria, y ejecuta aplicaciones en servidores donde estén disponibles. No son controvertidos entre sí, sino más bien cooperativos.
En la arquitectura de big data, supongo que la administración de recursos del servidor y la administración de recursos del contenedor son importantes. Entonces Kubernetes y Mesos podrían usarse simultáneamente.
Hay Kubernetes en la implementación de Mesos aquí para referirse.
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Kubernetes en Mesos