Hay algunos obstáculos importantes:
1) Antes de poder aplicar algoritmos de descifrado, debe tener una teoría de cifrado candidata para basarlos. Nadie ha sido capaz de encontrar un tipo de cifrado plausible que explique las características (distribución de letras y palabras, reglas de posición de letras) del texto, y muchos, muchos expertos lo han intentado.
2) Para aplicar algoritmos informáticos al texto del manuscrito Voynich, necesita una transcripción legible por máquina para usar. Hay varios disponibles, los más utilizados son EVA y Voyn_101. Desafortunadamente, si examina una sola palabra en el manuscrito, a veces encontrará que las diferentes transcripciones de esa palabra no concuerdan. Esto es simplemente porque es una cuestión de interpretación qué trazos del lápiz forman una letra, qué es una letra compuesta, etc. El resultado es que sus algoritmos de descifrado tienen que depender en gran medida de una interpretación del texto que bien puede estar equivocada.
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3) Finalmente, y lo más importante, hay una buena posibilidad de que el texto en el manuscrito no sea una cifra o un código, sino un lenguaje natural que se haya escrito con un alfabeto extraño. Si es así, ¡tal vez algún día Google aplicará su poderoso sistema para proporcionarnos un servicio de Google Translate desde y hacia Voynichese!