La mejor manera es sopesar los errores de manera diferente. Debe sopesar los errores al clasificar erróneamente la clase minoritaria mucho más que al clasificar erróneamente la clase mayoritaria.
Dejame darte un ejemplo. Si utiliza redes neuronales para la clasificación, durante la propagación hacia atrás obtiene los errores para diferentes instancias de entrenamiento. Aquí, solo sopesar los errores dependiendo de si una instancia mayoritaria fue mal clasificada o una instancia de la clase minoritaria fue mal clasificada.
Si está utilizando Regresión logística, por ejemplo, use un parámetro class_weight = “auto”, por ejemplo, en Scikit Learn en Python. sklearn.linear_model.LogisticRegression – documentación de scikit-learn 0.16.1
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Todo lo anterior básicamente hace lo mismo. Observan los errores de manera diferente según el tipo de instancia que fue mal clasificada.