¿Por qué disminuye el rendimiento en un disco duro tradicional a medida que se llena?

Tres razones principales sin ningún orden en particular
1 .. Fragmentación
2 .. memoria virtual
3 .. Cantidad de datos

Fragmentación
A medida que su computadora almacena cada archivo (o actualizaciones y archivos antiguos) en lugar de mantener todos los datos juntos en una ubicación, utilizará cualquier fragmento adecuado de espacio libre. Sus archivos terminan dispersos en fragmentos alrededor de su disco duro, lo que requiere que su computadora realice varias lecturas para cargar su archivo.
Memoria virtual
Su computadora usa algo de espacio libre en su disco duro como almacenamiento temporal para complementar la RAM, si ese espacio libre está restringido (o fragmentado), la computadora tarda más en almacenar y recuperar datos de él.
Cantidad de datos
Si tiene muchos datos, la computadora tarda más en encontrarlos y cargarlos.