La mayoría de las Mac modernas usan HFS +, donde Windows normalmente usa NTFS.
Hay muchas diferencias que son bastante triviales (es decir, NTFS admite volúmenes de hasta 16 exabytes, mientras que HFS + (¡solo!) Sube a 8.
Las principales diferencias están en cómo el sistema operativo presenta el FS al usuario. Windows actúa como si NTFS no distingue entre mayúsculas y minúsculas (es decir, un archivo llamado Foo y foo son lo mismo), mientras que OSX muestra HFS + como mayúsculas y minúsculas. (NTFS también distingue entre mayúsculas y minúsculas, muestra un nivel más alto que la insensibilidad a mayúsculas y minúsculas)
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NTFS a menudo se cita como más susceptible a la fragmentación, aunque OSX desfragmenta automáticamente los archivos al abrirlos si tienen más de 20 MB.
En general, aparte de la distinción entre mayúsculas y minúsculas, las cosas no son tan diferentes para el usuario final.