Sí, acortará la vida de sus unidades. Hay problemas que surgirán con el tiempo. Los SSD hacen malabares con los datos para evitar puntos calientes que mueren por el uso excesivo. Si bien cada unidad tiene bancos de repuesto para mover las cosas, confían en el sistema operativo para dejar bloques en blanco para una operación más estridente. Esta es la razón detrás del comando de recorte. Los archivos eliminados se pueden devolver a la unidad para hacer malabarismos.
Truecrypt nunca libera bloques para un volumen. Este es un diseño de seguridad de la aplicación. Dependiendo del porcentaje de la unidad contenida en un volumen Truecrypt y la actividad en ese volumen, los efectos pueden degradar severamente el rendimiento del SSD. Sin mencionar que el SSD podría perder bloques a medida que mueve datos hacia y desde los repuestos.
La página web de Truecrypt habla sobre estos temas en profundidad. Recomiendo a cualquiera que se meta en esta situación que lea todas esas páginas.
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