¡Interesante pregunta! De hecho, tuve que educarme (o refrescar mi memoria, en parte) sobre el tema visitando el artículo relevante de Wikipedia (Independencia condicional) como punto de partida. Además de los documentos, sugeridos por Justin Rising, los siguientes recursos merecen un vistazo:
- La discusión ¿Cómo pruebo que dos variables continuas son independientes? en Cross Validated (CV) es muy útil;
- La página en upenn.edu sobre el uso de la prueba de chi-cuadrado para la independencia;
- En términos de paquetes R para pruebas de independencia, además de los mencionados en la discusión de CV anterior, también verifique estos paquetes: CRAN – Test de independencia de paquete y CRAN – Cópula de paquete (en particular esta función: Prueba de independencia de variables aleatorias continuas a través de …)
- Finalmente, revise este documento, presentando un enfoque bayesiano para resolver el problema: [1301.2292] Una prueba de independencia multiresolución bayesiana para variables continuas.