Como todo lo relacionado con patentes, la respuesta es que depende.
¿Su aplicación web está vinculada a algún hardware? ¿Qué hace la aplicación? ¿En qué país (o países) buscaría protección de patente? ¿Por qué estás considerando ir a la ruta de las patentes de todos modos?
Existe un conjunto relativamente establecido de jurisprudencia relacionada con la patente de software en los EE. UU., Aunque la situación está cambiando bastante debido a las recientes decisiones judiciales. Europa también tiene una práctica de patentes de software cada vez más aceptada, aunque la cobertura y la aplicabilidad dependen bastante entre los diferentes países.
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Probablemente, su mejor opción sea conversar con un profesional experimentado en propiedad intelectual que pueda asesorarlo de acuerdo con sus objetivos comerciales específicos, planes de desarrollo tecnológico y situación legal.
Espero que esto ayude.
[Esto no es un consejo legal.]