Las razones principales son la naturaleza de la tarea en cuestión y los fondos.
Arduino es barato y robusto, donde Rpi es significativamente costoso y debe manejarse con cuidado. Dicho esto, nadie te impide emplear arduino en lugar de Rpi o viceversa. Es solo que Rpi tiene un mayor poder de cálculo sobre un arduino y generalmente se usa para realizar tareas más altas y tareas múltiples.
Es similar a cómo uno elige entre una calculadora y una computadora para realizar cálculos basados en la sofisticación.
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Desde mi experiencia personal, presencié a las personas que prefieren un Rpi sobre un arduino solo cuando sus proyectos involucran dispositivos que se comunican a través de redes inalámbricas como WiFi / Bluetooth o cuando se deben conectar más de 1 dispositivos conectados por USB. En pocas palabras … para evitar escudos separados que se van a montar en un arduino. ¡Hace que se vea realmente desordenado! Razones similares para Arduino. Simple de usar y robusto.
Pero a nivel de la industria, es solo la cuestión del rendimiento y los requisitos de la arquitectura del sistema: robustez y carga de trabajo.