Realmente depende
Si está comparando los propios idiomas, es cierto que la forma en que está diseñado MATLAB y se implementa su intérprete le permite realizar algunas tareas de manera más efectiva que Python.
Sin embargo,
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Imagen de Lorenzo Bolla
Python (NumPy) y MATLAB utilizan bibliotecas de manipulación de matriz bien optimizadas escritas en lenguajes de bajo nivel como C y FORTRAN, por lo que la mayoría de las veces, no se compara la velocidad de los dos idiomas per se. Como puede ver desde arriba, NumPy (que maneja la mayoría de las operaciones intensas de cálculo con C compilado en lugar de Python) es un poco más rápido que MATLAB.
Si se refiere a bibliotecas populares de Python como Scikit-learn o incluso Tensorflow (que dependen en gran medida de NumPy), es obvio que estas bibliotecas están en desarrollo altamente activo, lo que significa que con frecuencia recibirán actualizaciones que Mejora la estabilidad y la velocidad.
Tldr: Solo ve con Python.