Puntaje total (S) = (Puntaje por coincidencia * No de coincidencias) + (Puntaje por desajuste * no de desajustes) + (Puntaje por huecos * no de huecos)
(una)
G = puntaje de penalización de apertura de brecha + (longitud del hueco * puntaje de penalización de extensión de hueco
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G = -5 + (g * -1) # donde g es la longitud del espacio
Puntuación de penalización de apertura de brecha = -5, penalización de extensión de brecha = -1
AC-GGTTAT-
-CTGG – ATC
GMGMMGGMMG
donde, G = brecha, M = coincidencia y X = falta de coincidencia
Entonces, puntaje de alineación total (S) = (-5 + 1 * -1) + 2 + (-5 + 1 * -1) + 1 + 1 + (-5 + 2 * -1) + 1 + 1 + ( -5 + 1 * -1)
= -6 +2 -6 +2 -7 +2 -6
= -19
(si)
En el ejemplo, observamos que tramos cortos de espacios múltiples disminuyen la puntuación de una alineación mucho más que un desajuste en las mismas posiciones.
Por ejemplo, en el caso anterior para la posición 1, la penalización debida a la brecha es -6, pero si hubiera sido un desajuste, la penalización máxima habría sido -2. Entonces la puntuación de la alineación habría aumentado en 4.
Por lo tanto, podemos esperar obtener una alineación con una mejor puntuación al disminuir las brechas. Pero para confirmar nuestra conclusión y encontrar una manera de resolverla, tenemos que usar el método más famoso y básico para resolver un problema de alineación global, llamado algoritmo Needleman Wunsch (algoritmo Needleman-Wunsch).
Si consideramos la siguiente alineación, la puntuación sería
ACGGTTAT
CTGGATC-
S = -1-1 + 1 + 1-2 + 1-1-6 = -8.
Por lo tanto, esto puede considerarse una mejor alineación, pero puede no ser la mejor. Para conocer la mejor alineación tenemos que resolverla usando el algoritmo NW.
