¿Hay alguien que pueda responder esta pregunta?

Puntaje total (S) = (Puntaje por coincidencia * No de coincidencias) + (Puntaje por desajuste * no de desajustes) + (Puntaje por huecos * no de huecos)

(una)

G = puntaje de penalización de apertura de brecha + (longitud del hueco * puntaje de penalización de extensión de hueco

G = -5 + (g * -1) # donde g es la longitud del espacio

Puntuación de penalización de apertura de brecha = -5, penalización de extensión de brecha = -1

AC-GGTTAT-

-CTGG – ATC

GMGMMGGMMG

donde, G = brecha, M = coincidencia y X = falta de coincidencia

Entonces, puntaje de alineación total (S) = (-5 + 1 * -1) + 2 + (-5 + 1 * -1) + 1 + 1 + (-5 + 2 * -1) + 1 + 1 + ( -5 + 1 * -1)

= -6 +2 -6 +2 -7 +2 -6

= -19

(si)

En el ejemplo, observamos que tramos cortos de espacios múltiples disminuyen la puntuación de una alineación mucho más que un desajuste en las mismas posiciones.

Por ejemplo, en el caso anterior para la posición 1, la penalización debida a la brecha es -6, pero si hubiera sido un desajuste, la penalización máxima habría sido -2. Entonces la puntuación de la alineación habría aumentado en 4.

Por lo tanto, podemos esperar obtener una alineación con una mejor puntuación al disminuir las brechas. Pero para confirmar nuestra conclusión y encontrar una manera de resolverla, tenemos que usar el método más famoso y básico para resolver un problema de alineación global, llamado algoritmo Needleman Wunsch (algoritmo Needleman-Wunsch).

Si consideramos la siguiente alineación, la puntuación sería

ACGGTTAT

CTGGATC-

S = -1-1 + 1 + 1-2 + 1-1-6 = -8.

Por lo tanto, esto puede considerarse una mejor alineación, pero puede no ser la mejor. Para conocer la mejor alineación tenemos que resolverla usando el algoritmo NW.

También doy mi respuesta.

La siguiente es la tabla de programación dinámica para ejecutar el algoritmo Needleman-Wunsch para dos cadenas.

La alineación óptima se obtiene al rastrear las flechas desde V (8,7) hasta V (0,0).

La alineación óptima correspondiente es ACGGTTAT y CTGGATC-

Y la puntuación de alineación es -1 + (- 1) + 1 + 1 + (- 2) +1 + (- 1) + (- 6) = -8

Esto es lo que entendí:

La brecha entre C y G es de tamaño 1, entonces -5-1.

La brecha entre T y C es de tamaño 2, entonces -5-2.

La brecha entre G y A es de tamaño 2 (dos bloques), entonces -5-2

Ignora las últimas 4 líneas de mi respuesta.

Hay un ejemplo de alineación y puntaje de alineación

Después de leer el enlace:

penalización por hueco = -5 – g para un hueco de tamaño g.

(GS = tamaño de la brecha)

X: | A | C | – | G | G | T | T | A | T | – |
Y: | – | C | T | G | G | – | – | A | T | C |
GS: | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
GAP: | -5-1 | +2 | -5-1 | +1 | +1 | -5-2 | +1 | +1 | -5 -1 |
Puntuación = -19

Eso es lo que entendí.

More Interesting

Dado un laberinto cuadrado, cada entrada en el laberinto es una celda abierta 'O' o una pared 'X'. Una rata puede viajar a sus ubicaciones adyacentes (izquierda, derecha, arriba y abajo), pero para llegar a una celda, debe estar abierta. Dadas las ubicaciones de las ratas, ¿puedes averiguar si todas las ratas pueden alcanzar a las demás?

Entonces, ¿es una estructura de datos un algoritmo que describe cómo organizar las cosas?

Ahora he leído sobre algoritmos y estructuras de datos como Al Klein me dijo. ¿Qué lenguaje de programación debo aprender?

¿Cuáles son los objetivos del aprendizaje de la estructura de datos?

¿Cuál es el algoritmo para realizar la inserción en un árbol B?

¿Cuál es la diferencia entre el algoritmo codicioso y la programación dinámica? ¿Es un programa codicioso un subconjunto de programación dinámica?

¿Cuáles son los beneficios de los algoritmos? No los encuentro importantes.

¿Cuáles son los beneficios de usar la recursividad de la cola? ¿Es siempre posible?

¿Cómo se implementa std :: make_heap de STL?

¿Cuál es el algoritmo perfecto para extraer la forma, el color, la textura y los bordes de las partes cilíndricas en MATLAB en preparación para el aprendizaje supervisado?

¿Cómo funciona el ciclo for de este algoritmo?

Cómo dibujar un contorno vectorial en una matriz de cuadrícula binaria

¿Cómo funciona la ordenación por fusión en C ++?

¿Cuáles son algunos algoritmos conocidos para encontrar una coincidencia perfecta en un gráfico bipartito?

¿Cuál es el orden cronológico de los algoritmos de reconocimiento facial?