La estructura que mencionó es como dos sitios diferentes en el dominio principal y un subdominio. Habrá menos interacciones entre estas dos páginas. Depende de la idea del sitio web que desarrollaste.
Funcionará perfectamente en su diseño, pero según los consejos de UI y SEO, será mejor si ambos están en un solo marco.
En caso de que su Java MVC sea el sitio principal y el blog sea solo una parte de él (no es muy importante), entonces está absolutamente bien con esta estructura.
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Por ejemplo :
1) Si ve la estructura de RedBus.in, el sitio principal / negocio principal está construido con .Net y el Blog de RedBus que está construido con WordPress y tiene menos importancia para el negocio que hace.
2) Lo mismo en el caso de PayTM, el sitio principal está construido con node.js y el Blog de PayTM está construido con WordPress.
Si observa en los dos ejemplos anteriores, el blog no tiene muchos detalles y hay pocos enlaces al sitio principal.
Por lo tanto, no está mal con su diseño, pero si tiene menos importancia para su sitio principal, se puede separar.