El mejor enfoque actual, IMO es utilizar CloudFormation para mantener y desarrollar su VPC y sus recursos asociados. Puede ser un poco abrumador (y los archivos JSON pueden ser enormes y feos), por lo que le sugiero que primero aprenda los conceptos de arquitectura VPC.
Con ese fin, aprenderá más, IMO, al crear y modificar su primera VPC por su cuenta, ya sea desde cero o utilizando el asistente de VPC para comenzar. Aprenderá aún más escribiendo código para crear una VPC (lo hice escribiendo una aplicación Java usando la API de AWS). Una vez que haya aprendido cómo encajan todas las partes, es relativamente fácil comprender los recursos de CloudFormation necesarios para crear una VPC. Y, una vez que hayas hecho uno, los otros son bastante fáciles.
Si usa CloudFormation, mantener una VPC es relativamente fácil y repetible, siempre que no se vuelva loco con los cambios de arquitectura. Ponga su plantilla CloudFormation bajo control de versiones. A medida que se necesitan cambios, ajusta la plantilla y la vuelve a enviar a CloudFormation para cambiar su pila en ejecución y asegurarse de que sus cambios se comprometan con el control de versiones. Con el tiempo, creará un historial de versiones de los cambios en su pila.
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No somos una gran tienda de ninguna manera, pero mantenemos unos 17 VPC con aproximadamente 4 arquitecturas diferentes, para nosotros y nuestros clientes. Utilizamos CloudFormation para crear pilas de producción, rendimiento, prueba, etc. para cualquier cliente. Aunque somos muy pequeños, este trabajo es bastante fácil de administrar debido a CloudFormation.
Es una especie de larga fila, pero una vez que te acostumbres a CloudFormation, te preguntarás cómo has podido vivir sin él.