Estoy un poco confundida. ¿Ya tienes los cuadros delimitadores para los símbolos?
Si no, ese sería el primer paso. Si sus imágenes son tan simples como la imagen en su pregunta (también conocido como fondo blanco, símbolos negros claros), encontrar estos cuadros delimitadores debería ser fácil. Simplemente coloque un cuadro delimitador alrededor de cada burbuja de píxeles negros.
Una vez que tenga los cuadros delimitadores, sí, puede usar un KNN. Sin embargo, creo que esto es innecesario ya que requiere mucha memoria y puede ser bastante lento. Creo que sería mejor usar una red neuronal convolucional. En su caso, una simple red de convolución de una capa con clasificación softmax debería ser suficiente.
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Entonces, para entrenar su red, obtenga un conjunto de imágenes de entrenamiento de cada símbolo y redimensione todas a un tamaño predeterminado (digamos 50x50px). Ahora, cuando tenga una nueva imagen con un montón de símbolos para clasificar, obtenga los cuadros delimitadores de cada símbolo, extraiga esas imágenes, cambie su tamaño a 50 × 50 y clasifíquelas con su red neuronal.