¿Por qué algunas PC con refrigeración son muchas veces más caras?

No queda claro a partir de su pregunta, pero supongo que está comparando una PC boutique personalizada de Origin, Falcon Northwest, Maingear o Digital Storm con una configuración de enfriamiento de agua de circuito personalizado y la está comparando con una Dell o HP o algo. En ese caso, el enfriamiento por agua en sí es bastante costoso, especialmente cuando se habla de un circuito personalizado en lugar de solo un circuito sellado genérico para la CPU.

Hay algunas razones por las cuales los bucles personalizados son caros. Primero, como su nombre lo dice, son personalizados. Es posible que pueda comprar una GPU ya configurada para refrigeración por agua y puede comprar bombas estándar, bloques de agua de CPU, depósitos, radiadores y ventiladores (la mayoría de los cuales son bastante caros debido a que son productos de nicho de bajo volumen), pero tiene para cortar y ajustar a medida todas las mangueras. También tiene que encontrar lugares para montar componentes para los que las cajas estándar realmente no tienen un lugar (bomba, depósito) y debe pasar MUCHO tiempo reuniéndolo todo y asegurándose de que no gotee. Todo esto es bastante costoso, y especialmente si está comenzando con un sistema de bajo costo puede conducir a un gran salto en el precio.

Es la misma razón por la que una motocicleta hecha a medida cuesta varias veces lo que cuesta una bicicleta similar producida en fábrica. Piezas de bajo volumen y MUCHA mano de obra calificada.

Probablemente porque si la PC necesita enfriamiento adicional, la CPU debe ser muy rápida y cuanto más rápida sea la CPU, más costosa será.