No tengo una respuesta completa para ti, pero aquí hay tres cosas para probar:
1) Cuando implementa un sitio web en Azure, el cuadro de diálogo de Visual Studio le permite elegir cadenas de conexión. Observe las selecciones que realice en este cuadro de diálogo.
2) Cuando implementa un sitio web en Azure, pero no cuando ejecuta un sitio web en Visual Studio, Visual Studio ejecuta cualquier transformación que haya especificado en los archivos de configuración .Debug y .Release. Probablemente hay dos de estos archivos debajo de la configuración web en su solución VS. Ábrelos y asegúrate de que VS no esté aplicando ninguna transformación que no conozcas. Tenga en cuenta qué compilación (depuración o versión) ha seleccionado en VS.
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3) Vaya al Portal de Azure y busque la configuración de FTP para su sitio web. Use un cliente FTP para navegar al directorio en el servidor en Azure donde se publica su sitio. Descargue el archivo de configuración web desde allí a su disco duro local. Luego abra la configuración web y vea si es lo que quiere y si funciona. De lo contrario, tiene una tarea clara por delante, descubrir por qué la configuración web que se está implementando no es la que desea. Si no puede encontrar el nombre de usuario y la contraseña para el sitio FTP, descargue el archivo de configuración de publicación y ábralo en el Bloc de notas. Dependiendo de su versión VS, a veces puede encontrar el nombre de usuario y la contraseña de FTP allí. Creo que esto funciona para VS2013 pero no para VS2015.
Espero que esto ayude,
Adán
