No recomiendo hacer una máquina de arranque dual a menos que realmente necesite la potencia de procesamiento sin procesar. Si es solo porque necesita Outlook u otras herramientas similares a Office en Windows, le recomiendo que pruebe VMWare, Parallels Desktop o VirtualBox en el lado de Mac y simplemente emule Windows. Es lo suficientemente rápido como para que ni siquiera lo notes.
Si realmente quiere ir a la ruta de arranque dual, todavía le recomiendo que use el mejor FS para cada uno: Mac OS X con HFS + y Windows XP con NTFS. FAT te hará desperdiciar mucho espacio y es mucho más propenso a corromperse.
Probablemente lo haya preguntado porque necesitará hacer que la partición de Windows sea accesible a través de Mac OS X para poder intercambiar archivos de un lado a otro. Por lo tanto, necesita una partición de lectura y escritura y OS X solo viene con un controlador de solo lectura para NTFS. Pero puede probar el controlador NTFS-3G de código abierto para OS X (http://macntfs-3g.blogspot.com/). Incluso hay una versión comercial compatible llamada Tuxera (http://www.tuxera.com/products/t…) aunque no tengo idea si difieren. Permitirán que su OS X tenga acceso de lectura y escritura a la partición NTFS.
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Acerca de la desfragmentación de disco, solo tocará la única partición en la que se encuentre. Por lo tanto, si ejecuta una herramienta de desfragmentación de disco en el lado de Windows, debería tocar la partición NTFS. Lo mismo en el lado de OS X.
Una vez más, todavía le recomiendo que use un sistema Windows emulado sobre un sistema OS X predeterminado. Simplemente use OS X como su máquina principal. Incluso escuché de personas que realizan desarrollo .NET con Visual Studion desde un Windows emulado con éxito. Solo asegúrate de invertir en RAM y tener una máquina lo suficientemente reciente y pruébalo.
