Dos razones, 1 hardware y 2 software.
Uno, se necesita más potencia para hacer girar un disco duro que para mantenerlo girando. Si la fuente de alimentación o el motor del disco duro finalmente se han debilitado hasta el punto en que no pueden hacerlo, no lo sabrá hasta que reinicie y sea demasiado tarde.
Dos, hay un conjunto casi infinito de permutaciones en el que el software puede no volver al estado de funcionamiento deseado después de un reinicio. El sistema operativo puede arrancar bien, pero por ejemplo, ¿qué pasaría si su DBA hubiera cambiado varios parámetros de tiempo de ejecución a través de comandos de shell y no los hubiera comprometido con el archivo my.cnf? O qué pasaría si hubiera actualizado alguna biblioteca, por ejemplo, openssl, para un demonio, diga sshd, pero nunca reinició Apache que estaba usando la biblioteca anterior para HTTPS. Al reiniciar, podría haber alguna diferencia de configuración extremadamente menor que hace que apache simplemente no se inicie hasta que lo borre. Los casos de falla son todas combinaciones oscuras de eventos poco probables, pero si tiene suficientes servicios en ejecución y ha realizado suficientes cambios desde el último reinicio, simplemente no se sabe si un servidor reiniciado volverá al servicio sin problemas.
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Por cierto, el segundo lugar aquí es otra razón más para apegarse al paquete de la distribución de la manera más religiosa posible. Son mucho más diligentes en las pruebas de regresión que estas.
