No son del mismo tipo de archivo.
Si las extensiones son diferentes, es para identificar fácilmente el tipo de archivo. Incluso si todas esas extensiones están relacionadas con archivos de video, la representación binaria es muy diferente. La extensión le permite a usted y al software que usaría para identificar el tipo.
Entonces, ¿por qué no solo un tipo de archivo?
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Porque los tipos de archivos evolucionan. Aparecen mejores técnicas de representación, aparece un mejor hardware, lo que nos permite usar representaciones que ya podríamos usar, pero consumir más espacio en disco para almacenar, etc.
Por ejemplo, la extensión .avi es más antigua que la .mkv y ofrece una calidad menor que la .mkv, mientras que necesita menos espacio para almacenarse.
Cada representación tiene sus propias características y la elección del tipo depende del archivo, el destinatario, el equipo, el ancho de banda, etc.