La mayor diferencia es si tiene un sistema operativo o no, y ambos tienen ventajas y desventajas.
En BeagleBoard y Raspberry Pi tienes Linux, por lo que si ya estás familiarizado con eso, podría ser un punto de partida más fácil.
Sin embargo, la interfaz de hardware con un sistema operativo suele ser un poco más complicada y menos predecible que sin ella.
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Por ejemplo, Linux no es en tiempo real, por lo que si desea alternar un pin a una velocidad muy precisa, es posible que no sea posible, ya que el planificador de Linux puede decidir cambiar su proceso en cualquier momento. Hay formas de mitigar eso, pero nunca obtendrás algo tan predecible como correr sobre metal desnudo. Bueno, tal vez puedas hacerlo con un Linux parcheado en tiempo real, pero aún será mucho más complicado.
He realizado proyectos en Raspberry Pi y Gumstix y en varios microcontroladores diferentes, y creo que generalmente se trata de soporte de hardware.
Si desea usar algo como una cámara web en su proyecto, no tiene más remedio que usar Linux, a menos que quiera pasar cinco años escribiendo una pila de video completa desde cero.
Si eso no es un problema, los microcontroladores suelen ser mucho más fáciles de trabajar y, por lo general, también mucho más baratos. Todo el sistema es mucho menos complejo.
Recomendaría comenzar con un microcontrolador. El LaunchPad es barato, pero MSP430 no es un microcontrolador muy popular en el espacio de los aficionados (es mucho más popular en el mundo profesional), por lo que los recursos en línea serán escasos en comparación con si comenzaste con algo como el Arduino (ATmega) o incluso STM32 si desea un microcontrolador de gama alta (aunque no lo recomendaría si recién está comenzando).
