Bueno, una Raspberry Pi es una pieza de hardware que incluye su propia placa base y requiere su propio sistema operativo (SO), mientras que un sistema operativo es una pieza de software que controla la placa base, entre otras cosas. Según su descripción, parece que está igualando los dos, pero en realidad son cosas completamente diferentes.
Dicho esto, una frambuesa pi ciertamente podría controlar una placa base de varias maneras diferentes:
Manipular señales
Puede controlar la velocidad del ventilador alimentando las señales de la placa base a los sensores de temperatura y sensores de velocidad del ventilador, como una forma básica de comenzar a aprender sobre el control de la placa base. Una vez que tenga eso resuelto, puede comenzar a sumergirse en la manipulación de otros aspectos del hardware que dependen de señales más complicadas para interceptar.
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Emulación
Si eres lo suficientemente talentoso, estoy seguro de que sería posible programar la Raspberry Pi para pretender ser una unidad sata, y convencer a la placa base para que arranque desde ella usando los puertos io en la pi.
Una solución más simple implicaría usar el pi como un dispositivo otg USB y arrancar la placa base desde eso.