Porque lo amas y tienes pasión. En realidad, esa es la única razón por la que debe elegir cualquier campo en lugar de otro. Si espera tener un sueldo mayor más adelante, lo más probable es que se sienta decepcionado.
De todos modos, la ingeniería de sistemas embebidos / ingeniería de software embebido / ingeniería embebida (no sé si la diferencia es significativa) es un subconjunto de la ingeniería de software. Entonces, ya está haciendo ingeniería de software incluso si está especializado en sistemas embebidos. No pienses demasiado cuál te gustaría, ambos son igual de geniales (si te importa tal cosa).
Su elección estará muy influenciada por su exposición. He estado expuesto a la electrónica y la computadora desde joven, por lo que el sistema integrado realmente me conviene. Aunque mi elección de especialización en Uni es algo ingenua (para el sistema embebido, la Ingeniería informática es la especialidad más equilibrada, pero elijo Ingeniería eléctrica por pragmatismo) Podría hacer que funcione para mi carrera.
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La conclusión es elegir el que más te guste. Probablemente obtendrá éxito haciendo lo que quiera, ya que será más resistente. Si lo que le gusta es dinero, elija la carrera que más le pague. No hay vergüenza en eso.