¿Cual es mejor? ¿Helado de chocolate o vainilla?
Eso es básicamente lo que estás preguntando aquí; depende completamente de lo que quieras hacer contigo mismo y de dónde reside tu pasión.
Los EE harán más electrónica, señales, alimentación, componentes internos de chip y redes como regla general.
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CmpEs hará más programación e interfaz de hardware / software.
El mercado laboral para ambos es bastante fuerte, aunque en este momento hay más puestos totales para los graduados de CompSci / CompE / SoftE (y más graduados para llenarlos). Dicho esto, eso afecta principalmente tu PRIMER trabajo; Si decide que le gusta programar, consiga un trabajo haciéndolo durante un par de años y luego quiera cambiar, EE no será una responsabilidad en absoluto. No sé muchos que hayan intentado lo contrario, pero imagino que las experiencias son similares.
Así que haz lo que sea correcto para ti; cualquiera funcionará.