No habrá diferencia para ningún usuario del sitio web.
En ambos casos, el sitio web funcionará exactamente igual. Es solo una dirección legible por humanos que se traduce a la dirección IP real del sitio web por un servidor DNS. Puedes llamar a tu hermano ‘Bro’ o ‘Bhai’ (significado similar en hindi), ¡todavía responderá lo mismo!
Sin embargo, si usted es el propietario de un sitio web y está preocupado por atraer al público y retratar su sitio web como localizado en un país / región (“India” en este caso), querrá ir a http://www.—.in (que Amazon acaba de hacer). Mientras, para apuntar a una audiencia global http://www.—.com debe preferirse para un sitio web.
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En cuanto a los tecnicismos,
.com : Un TLD abierto (dominio de nivel superior) y es administrado por Verisign.
.in : Un ccTLD (dominio de nivel superior de código de país) administrado por INregistry que opera bajo NIXI (National Internet Exchange of India).