Hay una gran cantidad de razones por las cuales, por ejemplo, una GTX 1080 interna en una ranura PCIe 16x será una configuración preferible a una conectada externamente.
Sin embargo, probablemente el factor más importante es que ningún bus externo (como USB o Thunderbolt) hasta la fecha tiene 16x o incluso 8x velocidades equivalentes. Thunderbolt se trata de los buses externos más cercanos y eso es básicamente PCIe 3.0 4x externo. Es realmente rápido, Thunderbolt, pero no lo suficientemente rápido para lo que obtendrías de una GPU conectada directamente al bus interno.
Otro problema es el costo. Una GTX 1080 ya es bastante cara, incluso después del lanzamiento de 1080 Ti. Además de eso, tendría que comprar un gabinete separado con soporte Thunderbolt, y tampoco son baratos.
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Para ser sincero, si está tratando de obtener un rendimiento gráfico en bruto, deje de comprar Macs. Apple no pone GPUs muy potentes en ellas, y se le cobrará el marcado por el hardware que ni siquiera vale la mitad del precio que Apple le obligó a pagar. La próxima vez que planee gastar $ 1200 a $ 3000 en una Mac, considere comprar una PC personalizada o construir su propia PC. Obtendrá mucho más por su dinero y, lo que es más importante, tendrá una computadora que pueda manejar directamente cosas como una GTX 1080 a toda velocidad, que ninguna Mac puede debido a la filosofía de diseño de Apple.