Yo afirmaría que la dificultad de dicha tarea sería bastante estratosférica, pero si todos los sitios tuvieran una paridad 1: 1 en términos de base de código (no de base de datos) y cero personalización, es factible.
La idea del clúster Docker es muy parecida a esta: cómo crear un clúster de contenedores Docker con Docker Swarm y DigitalOcean en Ubuntu 16.04
Sin embargo, ¿qué sucede cuando 50/2000 sitios no funcionan? ¿Qué sucede cuando empujas código incorrecto? ¿Cómo se asegura de que haya copias de seguridad de datos para algo de esa escala? Definitivamente no es un proyecto de un solo ingeniero, y requeriría una horda de recursos: ingenieros, qa, devops y toneladas de efectivo.
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Cómo apoyar a 2000 clientes también es un gran problema.
En mi opinión personal, garantizar un tiempo de actividad del 100% para 2000 hosts / vhosts parece una tarea imposible.