¿Puedo contribuir al campo del aprendizaje automático desde un fondo de biología computacional?

Tiene razón en que algunos biólogos computacionales aplican algoritmos conocidos desde el aprendizaje automático hasta conjuntos de datos biológicos. Sin embargo, muchas personas también desarrollan algoritmos, específicos para un problema biológico o de otro tipo.

Por ejemplo, Anshul Kundaje y su laboratorio en Stanford trabajan tanto en biología computacional como en aprendizaje automático. Recientemente desarrollaron modificaciones en las capas de la red neuronal para aprovechar la estructura de cumplido inverso del ADN [1]. Otro ejemplo de su trabajo de laboratorio que es aplicable al campo del aprendizaje profundo fuera de la biología computacional es DeepLIFT, que es un algoritmo para calcular puntajes de importancia de las entradas a las redes neuronales profundas [2].

Notas al pie

[1] http://biorxiv.org/content/biorx…

[2] https://arxiv.org/pdf/1605.01713…

Ciertamente, hay muchos biólogos computacionales (¡moi!) Que utilizan principalmente herramientas desarrolladas por otros.

Pero hay una comunidad rica de biólogos computacionales que desarrollan algoritmos o algoritmos de ajuste para trabajar en problemas en este espacio. Mire todo el desarrollo de la Transformación de Burrows-Wheeler (BWT) para buscar rápidamente o varios métodos para lidiar con el problema de ensamblaje de secuencia o desafíos en la búsqueda de bases de datos de espectrometría de masas.

Ciertamente, hay varios grupos que intentan aplicar el aprendizaje automático a problemas biológicos.

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