No hay mejor, por eso no hay un diseño predeterminado. La forma en que organiza depende de cómo tiende a trabajar con él y puede cambiar para diferentes escenarios.
Es por eso que tiene cosas como Smart Folders en OS X. Si no está familiarizado con OS X, el sistema operativo tiene un servicio llamado ‘mds’ que mantiene una base de datos de metadatos de archivos en el disco. Los datos contienen información básica sobre el archivo: nombre, tamaño, fecha de creación, última fecha de apertura, tipo de archivo. También almacena el tipo de archivo específico para cada tipo de archivo: velocidad de bits, modelo de cámara, tempo, url desde la que se descargó, derechos de autor, altitud, lo que sea pertinente para el tipo específico de datos, incluidos los contenidos de texto. Es muy rápido y muy completo (a pesar de que la mayoría de las personas solo acceden a él a través de Spotlight y realizan búsquedas básicas de nombre o contenido). La búsqueda se guarda y aparece como una carpeta, pero el contenido de la carpeta es el resultado de la búsqueda. Es posible que desee ver todas mis imágenes asociadas con un país específico, pero es posible que tenga imágenes almacenadas en varios discos o en varios directorios, por lo que creo una carpeta inteligente que contiene Kind is Image AND Country IS Ireland. La vista se actualiza automáticamente cuando almaceno archivos en cualquier parte de mis discos adjuntos, está disponible en diálogos de archivos, etc.
Windows 7 (y supongo que 8) tiene un análogo similar, aunque considerablemente menos conveniente, donde puede usar Windows Search para especificar criterios para seleccionar un grupo de archivos, luego puede convertir esos archivos en una Biblioteca (una carpeta llena de enlaces de archivos) . Esto difiere ligeramente de OS X en que la extracción de metadatos no es tan detallada, el proceso toma más pasos y no se actualiza dinámicamente, pero es similar en espíritu. Ya a mediados de la década de 1990, Microsoft estaba considerando reemplazar su sistema de archivos con una base de datos (esencialmente BLOB en una base de datos MS SQL) para abordar este problema. Por una serie de razones, esto nunca llegó a buen término, pero su desarrollo fue implementar un sistema que funciona como el servicio mds de Apple, pero también almacena el archivo en la base de datos.
Hay características análogas a Windows Search disponibles también para entornos de escritorio Linux (aunque menos convenientes).
En términos generales, la industria se está moviendo hacia un modelo donde la organización de la información es más dinámica. Se podrían diseñar sus directorios de la forma que deseen, pero el acceso a los archivos se realiza mediante búsquedas que presentan ‘vistas’ de conjuntos de archivos que no están restringidos por la jerarquía.