¿Puede el software antivirus eliminar troyanos por completo?

Depende, aunque generalmente sí.
Hay 2 ángulos para esta pregunta: ¿Es posible eliminar los archivos de troyanos y restaurar el sistema y si es posible que un antivirus específico o un procedimiento de eliminación eviten que el troyano impida su eliminación?
( I parte )
En la mayoría de los casos, los troyanos insertan sus propios archivos y realizan cambios de configuración para que se ejecuten cuando se inicia el sistema (o aplicación específica). Por lo tanto, una vez que los archivos de configuración se arreglan y se eliminan, el sistema se restaura por completo.
En algunos casos, los troyanos pueden eliminar algunos archivos del sistema e insertar sus propias versiones. En la mayoría de estos casos, los archivos se pueden restaurar y eliminar los archivos troyanos.
En casos raros, los troyanos pueden usar algunas bibliotecas de DLL públicas que no son totalmente maliciosas y los antivirus no pueden determinar si la biblioteca es maliciosa o no, pero los troyanos se eliminarán.
( II parte ).
Muchos de los troyanos evitan activamente su eliminación. Es decir, intentan bloquear la ejecución de los antivirus, encontrarlos o eliminarlos. Técnicamente, los escáneres alternativos del sistema operativo deberían ser capaces de detectar y (posiblemente) eliminar CUALQUIER amenaza en su base de datos, aunque podría ser difícil restaurar el sistema para que funcione después.
La mayoría de los antivirus detectarán y eliminarán la mayoría de los troyanos sin requerir una exploración alternativa del sistema operativo. Hay algunos casos en que un solo antivirus no es suficiente (NINGUNO es 100% a prueba, incluso si las pruebas dicen lo contrario, ya que se realizan contra el parásito que ya sabemos). Pero siempre que se detecte el parásito, se identifique correctamente que existe una herramienta o una forma de eliminarlo.