Hay una marcada diferencia entre los 2.
Los puertos VMkernel se utilizan para conectar VMkernel a los servicios que controla. Puede haber muchos puertos vmkernel, sin embargo, solo hay un vmkernel. Por lo tanto, los puertos vmkernel se pueden diferenciar en función del servicio al que conecta vmkernel. Los servicios pueden ser vmotion, enlace SCSI, gestión de ESXi o tolerancia a fallos. Con vSphere 5.5 se agrega esto para la red vSAN.
Los grupos de puertos de VM, por otro lado, se usan solo para conectar máquinas virtuales a conmutadores virtuales. Principalmente pueden ser conmutadores de capa 2 que solo necesitan un etiquetado como el etiquetado de vLAN para asegurarse de que las máquinas virtuales se comuniquen entre sí, se comuniquen entre hosts, comunicarse a Internet, etc. Con los grupos de puertos VM, puede tener políticas como Seguridad, Modelado de tráfico, NIC Teaming, etc.
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Le sugiero que lea la guía de Redes para la versión relevante de vSphere y tendrá muchas de sus preguntas respondidas.
Vuelve si necesitas más aclaraciones.