¿Qué debo actualizar, i5-6400 o GTX 960 2GB (la CPU funciona al 100% en juegos como GTA 5)?

Me quedaría con el procesador actual y reemplazaría la tarjeta gráfica. Eso es lo que más se necesita al jugar juegos de computadora.
Una tarjeta gráfica buena y relativamente barata es la RX 480 (fabricante que elegiría: MSI, ASUS o Gigabyte). Si puede gastar más, entonces una GTX 1070 le dará un empujón extra. En caso de que el dinero no sea un problema, entonces, obviamente, opta por GTX 1080.
Si luego decide reemplazar el procesador también (lo que también implicará obtener una nueva placa base), puede quedarse con la GPU que está comprando ahora.
Para obtener una lista de modelos de tarjetas gráficas según el rendimiento, consulte aquí.
Una mejor tarjeta gráfica necesitará más potencia. Por lo tanto, es posible que deba comprar otra unidad de fuente de alimentación al mismo tiempo. Se recomienda que opte por uno que no se utilizará al máximo. Por ejemplo, si todas sus piezas necesitan, digamos, 500 vatios para funcionar, obtenga una fuente de alimentación de 750 vatios.
Puede ver la cantidad de potencia que necesita su computadora aquí.

Su CPU está bien, pero no actualice a Ryzen porque realmente sería un desperdicio ya que también necesitaría una nueva placa base. El i5 6400 sigue siendo una CPU perfectamente buena y no es demasiado antigua, pero si realmente desea actualizar la CPU, el nuevo cpus de coffee lake que sale es una buena opción, especialmente el i3 8350k o i5 8400. En cuanto al gpu a gtx 1060 o 1070 deberían estar completamente bien si desea actualizar eso. No se preocupe demasiado por el uso de la CPU, es bastante normal cuando está bajo cargas elevadas para que el uso sea bastante alto. Lo que te sugiero que hagas es mantener la CPU que tienes y actualizar a una gtx 1060 de 3 gb o 6 gb (sea cual sea tu presupuesto) venden alrededor de $ 200 nuevos en Amazon o Newegg y pueden ejecutar juegos como gta 5 1080p max settings 60fps.

Su CPU está bien para juegos y otros fines diarios. Intente actualizar su GPU preferiblemente a una con 4GB vram o superior, ya que hoy en día los juegos AAA necesitan más vram para almacenar texturas de alta resolución.

Presupuesto- Gtx 1050ti

Mid high end-gtx 1060 6gb (combo perfecto para juegos de 1080p)

Depende de qué juegos juegues actualmente / planeas jugar pronto … Yo diría que primero CPU, luego puedes ejecutar todos los juegos en configuraciones de gráficos bajos con buenos fps. O GPU, entonces probablemente puedas jugar juegos más antiguos con configuraciones máximas (me refiero a juegos de 2013 y más viejos) … Pero tbh, actualiza a 1060 6GB y a un AMD Ryzen 5, la mejor y más barata actualización (tengo i5 6600K y compré Ryzen 5 1600X, también estoy contento con 1060 6GB)