“¿Qué pasaría si se atascara en una tarjeta gráfica de primera línea como una Nvidia [sic] GTX 1080 en una vieja placa base del 2006?”
La mejor versión de PCI Express que un mobo 2006 podría soportar es la versión 1.1. PCIe 2.0 no se lanzó como especificación hasta enero de 2007.
Una de las cosas buenas de la especificación PCIe es la compatibilidad con versiones anteriores en todas las versiones (en teoría). Eso significa que puede colocar una tarjeta diseñada para un bus PCIe 3.0 en una ranura PCIe 1.0a y hacer que funcione. También puede colocar una tarjeta PCIe 2.0 en una ranura PCIe 3.0 y hacer que funcione.
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Específicamente para las tarjetas de video, la advertencia para la compatibilidad con versiones anteriores es que la ranura debe ser una ranura x16 (es decir, 16 líneas de datos de ancho). * Puede * funcionar en una ranura x8 pero lo dudo, además las ranuras x8 son bastante raras.
Además, deberá asegurarse de que la fuente de alimentación del sistema pueda A) proporcionar la salida necesaria en los rieles de 12V y B) tener los conectores de alimentación dedicados PCIe adecuados para la tarjeta.
No obtendrá el rendimiento completo de la tarjeta de video PCIe de mayor especificación en el bus de menor especificación; simplemente no hay suficiente ancho de banda entre el chipset northbridge y la GPU con especificaciones PCIe que no coinciden para permitirlo.
Entonces, para responder directamente a su pregunta: nada mucho. Funcionará Podrás jugar juegos que tu PC de 2006 podría manejar en términos de memoria y potencia de CPU. Solo será un desperdicio de potencia de procesamiento de GPU (y probablemente cause problemas de enfriamiento dentro de la carcasa).
Editar: eliminó un par de errores gramaticales.