Primero, los hechos. En 1996, el Dr. Lincoln Stein escribió un artículo titulado “Cómo Perl salvó el proyecto del genoma humano” . Su mensaje básico es que Perl proporcionó una forma rápida de desarrollar la normalización de datos entre las diversas bases de datos bioinformáticas. Los beneficios de Perl que enumera son (en resumen):
- Buen soporte de procesamiento de texto y expresiones regulares
- Comportamiento de “hacer lo que quiero” con respecto a los datos faltantes
- Modularidad, específicamente los módulos Bioperl
- Rápido para ejecutar el código (sin compilación, los scripts son cortos, etc.)
- Creación rápida de prototipos
- Programación web y CGI incorporada
Debo señalar a todos los entusiastas de Perl que el Dr. Stein admite fácilmente que muchos de los algoritmos desarrollados inicialmente en Perl serían más rápidos o se adaptarían mejor a un idioma diferente, especialmente a un lenguaje compilado. Como evidencia anecdótica, cuando estaba en la universidad, el departamento de Bioinformática se acercó a un estudiante que era un asistente de programación para ver si podía ayudarlos con un problema. Después de analizar su intento de Perl, se dio la vuelta y escribió un programa en OpenGL que terminó en una pequeña fracción de las muchas horas que el script de Perl había tomado el mismo problema.
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