Dadas dos cadenas de longitud N, ¿cómo encuentro la ventana máxima de patrones coincidentes si pueden mutarse?

// asumiendo que la secuencia no contiene caracteres duplicados

max_window_size = -1
maxw_commonseq = -1

para cada char ‘c’ en seq1 {
i = posición de ‘c’ en seq1
x = posición de ‘c’ en seq2

si (x <0) continúa;

para wsize = x a 2 {
seq1_w [0] = (i-wsize + 1) <0? 0: (i-wsize + 1)
seq2_w [0] = (x-wsize + 1) <0? 0: (x-wsize + 1)

sa = ordenar ‘a’ desde las posiciones seq1_w [0] a seq1_w [1]
sb = ordenar ‘b’ desde las posiciones seq2_w [0] a seq2_w [1]

if (wsize> maxw_commonseq) {
maxw_commonseq = max_perm_seq_in (sa, sb, seq1_w [0], seq2_w [0], wsize, maxw_commonseq)
}
}
}

max_perm_seq_in (a, b, awindow, bwindow, wsize, maxseqw) {
if (awindow <0 || bwindow <0 || awindow + wsize> n || bwindow + x> n) devuelve maxseqw
if (awindow + wsize

para i = awindow, j = bwindow a (i + awindow if (a ! = a [j]) {
return max (max_perm_seq (a, b, awindow + 1, bwindow, wsize, maxseqw),
max_perm_seq (a, b, awindow, bwindow + 1, wsize, maxseqw))
} continuar;
}
return x + awindow
}

Compartir esta solución O (n) con la implementación de Python

Subcadena de coincidencia más larga, independientemente del orden de los caracteres

para el ejemplo que has dado esto funcionará.
Ordene las cadenas y verifique que la subcadena más larga de longitud diga K. La complejidad general será O (nlogn) + O (K) = O (nlogn)