En realidad, depende de lo que quieras decir con un usuario de Linux.
Si usted es un usuario normal, es decir, navega por la web, se considera avanzado en la línea de comando. Como buscar archivos, mover, copiar y aprender muchos comandos. También instalando y compilando controladores … etc. Así la gente buscará a alguien que sea fluido en la línea de comandos como un usuario de Linux realmente avanzado. es decir, alguien que conoce muchos comandos y cómo lidiar con ellos.
Pero si quieres encontrar un trabajo en Linux, entonces esa es una historia diferente. Debe aprender a hacer administraciones del sistema (otorgando diferentes roles y autentificaciones a diferentes usuarios), administración de servidores web, administración de servidores de bases de datos … etc.
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Luego se aplica si quieres ser desarrollador en Linux y esa también es una historia diferente. Aquí tendrá que combinar la primera tarea del usuario normal y luego aprender las diferentes herramientas disponibles en Linux para el lenguaje de programación que está utilizando. Por ejemplo, necesita aprender cómo configurar GIT para Subversion..etc
Pero si quieres profundizar más y más, supongo que la tarea más avanzada es configurar un Linux desde cero. Mira esto: http://www.linuxfromscratch.org/