Existen muchas diferencias técnicas y de implementación, pero a un alto nivel:
RDS es compatible con MySQL y MS SQL Server y ha estado disponible durante más tiempo, lo que significa que ofrece más campanas y silbatos.
Rackspace Cloud Databases solo ofrece MySQL solo (a partir de hoy) pero está construido utilizando una plataforma de virtualización basada en contenedores y almacenamiento SAN para ofrecer un alto rendimiento. Los puntos de referencia muestran que es aproximadamente un 230% más rápido que RDS. Puede leer más aquí Puntos de referencia de rendimiento e informes
Al final, depende de lo que necesite: si está buscando rendimiento, las bases de datos en la nube seguramente serán más rápidas, si su aplicación se basa en MS SQL, su elección es Amazon RDS o tal vez ejecute SQL Server en una base de datos en la nube: Microsoft SQL Server 2012 ahora disponible en servidores en la nube – El blog oficial de Rackspace
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espero que esto ayude
