¿Hay alguna diferencia en aprender Unix vs. Linux en la universidad? ¿Cómo se traduce esto en la búsqueda de empleo?

Depende de lo que uno entienda por “aprender” Linux o Unix.

Como usuario, que es el caso común, las diferencias son insignificantes y generalmente se espera que una persona elija variantes según sea necesario sin muchos problemas. En general, todos se adhieren estrechamente al estándar POSIX, al igual que Mac OS X, por lo que la interfaz es efectivamente la misma. Yo diría que cambiar de caparazón generalmente es más un inconveniente que cambiar la plataforma subyacente.

Ahora, si está haciendo modificaciones en el núcleo, presumiblemente en Linux, ha entrado en un territorio diferente. Las entrañas de los sistemas operativos pueden ser muy diferentes en comparación con las interfaces. Una situación análoga podría ser: “Estoy acostumbrado a los vehículos eléctricos Nissan, pero estoy entrevistando para Tesla”. Muchos principios serán los mismos, y estarías en una mejor posición para modificar cosas que alguien que nunca ha trabajado dentro de un vehículo eléctrico, pero no estarías a la misma velocidad que alguien que trabaja en Tesla.

Linux es un sistema operativo “similar a unix”. Unix (POSIX) en realidad es un estándar por el cual un sistema operativo similar a Unix debe cumplir. Linux se ajusta principalmente al estándar POSIX.

Casi todas las empresas ejecutan Linux, BSD, Solaris o alguna otra variante similar a Unix. Cada uno tiene sus propios caprichos y los configura utilizando diferentes mecanismos, pero los comandos básicos como ls, cd, chmod, chown, find, etc. funcionan prácticamente de la misma manera en todos los unixes.

Bueno, Vanilla Unix ya no se usa realmente. Linux es, con mucho, el derivado de Unix más común que existe. Todos los sistemas similares a Unix intentan ser una queja Posix de todos modos y, por lo tanto, aprender sus peculiaridades sería una empresa bastante similar.

Mencionaste la universidad. Si vas a ir a Berkeley, te recomiendo que aprendas BSD dentro y fuera, ya que allí es donde se escribió y probablemente haya mucha gente conocedora. En cualquier otro lugar, recomiendo Linux.

La universidad te enseña lo básico. La mejor manera de aprender es descargar Cygwin y comenzar a ejecutar los comandos para obtener una práctica práctica.