Creo que todas las herramientas mencionadas aquí por Florian Leibert son realmente geniales. La mayoría de las herramientas de orquestación de Docker son de código abierto, lo que las hace mucho más accesibles y fáciles de probar.
Si tiene una configuración de más de 200 servidores, realmente puede beneficiarse de algo como Apache Mesos o Mesosphere. Sirven a clientes como Twitter y pueden ayudar con configuraciones a gran escala.
Para configuraciones más pequeñas (de 20 a 200 servidores, por ejemplo), creo que hay una buena opción para una solución totalmente integrada y alojada que se encargue de todo lo que Docker esté en producción para usted: creación de imágenes, repositorio, orquestación, red, almacenamiento, descubrimiento de servicios, etc. CoreOS es un buen candidato aquí y, en un complemento descarado, sugeriría probar Cloud66 Docker Production Toolset (Descargo de responsabilidad, trabajo para Cloud 66).
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