La mejor respuesta que tengo proviene del siguiente hilo:
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Respuesta principal con instrucciones aquí: (Limite el uso de memoria MongoDB en Windows sin virtualización)
Parece que la herramienta clave es el Administrador de recursos del sistema de Windows, que quedó en desuso en 2012 R2 pero que aún puede instalarse manualmente: (Administrador de recursos del sistema de Windows y Windows Server 2012 R2)
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La otra opción aquí es darle a MongoDB su propia VM o Hyper-V si está familiarizado con esa tecnología.
Por cierto, si solo te preocupa la memoria activa en MongoDB, tienes mucha libertad aquí. MongoDB utiliza archivos mapeados en memoria y efectivamente “finge” que toda la base de datos. Se basa en el sistema operativo para intercambiar y aprovechar la memoria virtual. Entonces, si está haciendo algo más en el mismo cuadro que MongoDB, limitar la memoria ralentizará a MongoDB y lo obligará a ir al disco con más frecuencia.
Este puede o no ser tu comportamiento deseado. Simplemente no se sorprenda demasiado por la RAM consumida por su base de datos, básicamente todos los servidores de bases de datos desean tomar toda la RAM disponible.
