JavaScript se usa invariablemente para una mejor interacción con los usuarios finales. Pero algunos sitios web usan JavaScript para las huellas digitales del navegador, posiblemente para identificar usuarios únicos y recurrentes. Si alguien ya ha visitado algunos sitios con esta técnica de identificación de usuarios, crean y sellan una identificación única para usted. La próxima vez que los visites, podrían identificarte.
Lógicamente, esto se aplica a Dark Net. Y los sitios .onion no tienen excepciones. Incluso teniendo total anonimato, uno puede identificarlo habilitando JavaScript.
Por lo tanto, es mejor bloquear JavaScript, pero eso obstaculizaría el dinamismo del sitio. No puedo responder, pero siempre es seguro bloquear JS y usar VPN para sitios web .onion.
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Aquí, seguro se usa en contexto a la privacidad. Nadie puede dañar su PC a través de navegadores web y usar JS ya que JavaScript se ejecuta en un entorno controlado y protegido.