Tuve que elegir entre hacer una licenciatura en Ciencias de la Computación o Ingeniería Electrónica. Ya había estado programando desde que tenía 13 años, y también me metí con la electricidad y la química, pero definitivamente prefería la programación.
Elegí Ingeniería Electrónica, principalmente porque era más difícil y matemático, y tenía un título de 4 años en lugar de 3. Incluía 1 año de ciencias de la computación, y hubiera preferido hacer los cursos básicos de CS al 4to año, pero eso no era compatible con el programa de ingeniería bastante exigente.
Más tarde, mi universidad comenzó a ofrecer un título combinado de Ciencias de la Computación e Ingeniería Electrónica. Eso es lo que hubiera elegido si estuviera disponible en el momento en que comencé la universidad.
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Hoy en día (después de mucha experiencia y autoaprendizaje), me va muy bien como ingeniero de software en finanzas, trabajando perfectamente junto a personas con doctorados en informática (y física, matemática aplicada, finanzas cuantitativas y varias otras disciplinas).
A la larga, probablemente no importe mucho el grado que elija, pero creo que Ingeniería le ofrece más opciones y más amplitud. Logré pasar de ser ingeniero de hardware a través de sistemas integrados a ser ingeniero de software de banca de inversión, pero dudo que sea posible lo contrario. Es bastante fácil obtener calificaciones de programación que se respetan para obtener los mejores trabajos de programación si tienes un título de EE.
Si puede encontrarlo, haga un curso de Ingeniería que incluya Ciencias de la Computación hasta el final. O si no desea hacer nada con sistemas embebidos, entonces CS puede ser la mejor opción, siempre que incluya suficiente física, matemática pura y aplicada.
Pero para ti, definitivamente Ingeniería es la elección correcta.