Bien,
1) No se vería desordenado: el cifrado moderno no se cifra por letra, se cifra mediante operaciones bit a bit. Las letras son solo 52 de 256 bytes posibles (más cerca de 100 más o menos si incluye números y signos de puntuación, supongo), por lo que solo recibir un mensaje que incluya todas las letras es una buena indicación de que está en algo.
2) La encriptación moderna también tiene múltiples pasos. Todo lo que está haciendo es agregar un solo paso débil al final del proceso de cifrado. Cualquier software que pueda romper el cifrado seguro hará que su pequeño cambio sea breve.
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3) Por lo general, el descifrado funciona descifrando la clave. Por ejemplo, si una contraseña se convierte en un hash, la forma típica de descifrar sería acceder al hash e intentar contraseñas hasta que se haya creado el mismo hash. Entonces el intruso sabría que había descifrado con éxito su mensaje, incluso si inicialmente parecía ser un galimatías.
Sin embargo, podría ser una buena idea ejecutar su contraseña a través de un cifrador César, ya que eso lo haría menos susceptible a un ataque de diccionario.
El cifrado es un tema matemático increíblemente difícil que es fácil de hacer mal y no pretendo ser un experto. Pero es poco probable que su Cifrado César represente un desafío serio para alguien que sea capaz de romper un sistema de cifrado fuerte.
