No puedo ver por qué no sería así, pero sin detalles de su sistema distribuido, trataré de dar un par de respuestas para poder orientarlo en la dirección correcta.
Nagios tiene muchos tipos diferentes de complementos e incluso algunas funcionalidades de Business Intelligence que podría utilizar para agregar comprobaciones de múltiples sistemas (distribuidos).
¿Su sistema distribuido tiene un administrador que se puede consultar por el estado de todo el sistema? Si es así, podría escribir una simple verificación para consultar al administrador y podría imaginar un solo host en nagios que representaría su sistema distribuido.
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Otras soluciones basadas en nagios como check_mk tienen la capacidad de monitorear clusters. Si su sistema distribuido es similar a un clúster, entonces podría usar el complemento check_mk en nagios y definir su sistema distribuido como un clúster.
Por último, creo que podría crear un host o grupo de servicios que contenga los componentes de sus sistemas distribuidos y agruparlos lógicamente.