Depende de las aplicaciones y de qué tipo de supercomputadora desea ejecutar.
En general, cada sitio de supercomputadora tendrá una gran cantidad de material de capacitación disponible para sus usuarios, por lo que primero debe verificarlo.
Dicho esto, siempre aconsejo a las personas que desean que sus aplicaciones se aceleren usando computadoras paralelas (incluidas las supercomputadoras) para comenzar con aplicaciones que puedan aprovechar las bibliotecas que ya están paralelas, por ejemplo, un paquete de solución numérica.
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Si esa no es una opción y la Supercomputadora está en http://topp500.org, y / o tiene varios miles de núcleos, probablemente necesite obtener ayuda y / o aprender MPI y cómo aprovechar los aceleradores, por ejemplo, adjunto Las GPU, Intel Phis, etc. Las GPU asociadas con las supercomputadoras generalmente se programan en OpenCL o CUDA (específico para NVIDIA). Existen OpenAcc y otros idiomas, pero pueden ofrecer un buen rendimiento, dependiendo de su aplicación.