¿Qué podría hacer un cerebro Matrioshka construido alrededor de UY Scuti?

Sacaré el cuello y diré que no, no se puede construir, ni podría funcionar. Una inteligencia física debe ser bastante compacta, espacialmente. Esto se debe a que las limitaciones de velocidad de la luz para las comunicaciones internas requerirán que el mecanismo no esté demasiado extendido, astronómicamente.
La idea de que uno tiene que tener algunas centrales eléctricas de teravatios tampoco es del todo realista. Cualquier IA avanzada terminará siendo relativamente pequeña y de potencia relativamente baja. No va a ser un cerebro del tamaño de un planeta pequeño. Cualquier cosa construida tan grande tal vez sea una comunidad de cerebros, pero nuevamente, se ralentizará debido al tamaño y posiblemente se encuentre con problemas de desacuerdos competitivos entre cerebros, todo lo cual lo ralentizará. Es posible que haya un rango de tamaño óptimo para los mecanismos que pueden pensar: demasiado pequeños y no lo suficientemente inteligentes; demasiado grande y demasiado lento, demasiado propenso a encerrarse.
En cuanto a un cerebro que manipula el espacio-tiempo directamente, eso es pura fantasía científica y no es posible.

Esto no puede responderse ya que responderlo se reduce a preguntar si una entidad más inteligente que un humano podría hacer experimentos de física que no sabemos cómo hacer.

Supongo que muchas de las cosas que cualquier entidad más inteligente que nosotros no implicará una nueva física. Después de todo, mucho de lo que hago que mi perro no puede no implica física que es nueva para ella.

Posiblemente cambiaría el espacio-tiempo. Pero nadie sabe realmente cómo ni de qué forma.